Toma como fecha de fundación al 13 de marzo de 1911, día en que se concreta la autorización del gobierno provincial para el remate de quintas, chacras y lotes, que se realizaría seis días más tarde, dando nacimiento a una villa balnearia. La ciudad, declarada cabecera del distrito, debe su nombre a la memoria de Don Cayetano de la Canal, cofundador de Necochea, muerto en el combate de San Antonio de Iraola en 1855.


San Cayetano fue creado como partido el 4 de noviembre de 1958 por Ley provincial N° 5921. Se formó con tierras que pertenecieron a los partidos de Tres Arroyos, Gonzáles Chávez y Necochea -de los cuales San Cayetano dependía administrativamente-, concretándose así las aspiraciones de los habitantes del lugar, que desde 1928 venía solicitando en varias oportunidades la autonomía.